海运分公司是厦门轮船有限公司的全资子公司，非法人商事主体，前身是组建于1951年8月的厦门航管局外海船队。1995年5月，因转换企业经营机制，外海船队改制为海运分公司。2020年4月起，海运分公司成建制划归海隆公司管理。现有岸基管理人员13人，各级自有船员163人，外聘船员126人。设船员部、计财部、综合部、党群部、工会等五个部门。

海运分公司主营业务是船员劳务派遣，分公司船员具有丰富的国内沿海航区安全航行实际经验，熟悉国内各航线航道和港口情况，自靠自引能力强，船员的业务技能和综合素质较高。除满足福建海运集团自有散货船队板块派员需求外，还积极拓展神华集团等套派业务和船员零星散派。目前，分公司套派船舶8艘，在船人数183人。

海运分公司注重企业文化建设，倡导以“爱国、诚信、创业、实干”为核心内容的企业精神，以人为本，注重安全，与时俱进，锐意进取，以向客户提供优质服务为己任，力争为海峡西岸经济区的建设做出更大的贡献。